Classes | Namespaces | Macros | Functions | Variables
Gromacs.h File Reference
#include <math.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>
#include "endianswap.h"

Classes

struct  PLMD::molfile::trx_hdr
 
struct  PLMD::molfile::md_file
 
struct  PLMD::molfile::md_header
 
struct  PLMD::molfile::md_box
 
struct  PLMD::molfile::md_ts
 
struct  PLMD::molfile::md_atom
 

Namespaces

 PLMD
 
 PLMD::molfile
 

Macros

#define GROMACS_H
 
#define M_PI_2   1.57079632679489661922
 
#define MDIO_SUCCESS   0
 
#define MDIO_BADFORMAT   1
 
#define MDIO_EOF   2
 
#define MDIO_BADPARAMS   3
 
#define MDIO_IOERROR   4
 
#define MDIO_BADPRECISION   5
 
#define MDIO_BADMALLOC   6
 
#define MDIO_CANTOPEN   7
 
#define MDIO_BADEXTENSION   8
 
#define MDIO_UNKNOWNFMT   9
 
#define MDIO_CANTCLOSE   10
 
#define MDIO_WRONGFORMAT   11
 
#define MDIO_SIZEERROR   12
 
#define MDIO_UNKNOWNERROR   1000
 
#define MDIO_READ   0
 
#define MDIO_WRITE   1
 
#define MDIO_MAX_ERRVAL   11
 
#define TRX_MAGIC   1993
 
#define XTC_MAGIC   1995
 
#define MAX_GRO_LINE   500
 
#define MAX_G96_LINE   500
 
#define MAX_TRX_TITLE   80
 
#define MAX_MDIO_TITLE   80
 
#define ANGS_PER_NM   10
 
#define ANGS2_PER_NM2   100
 
#define MDFMT_GRO   1
 
#define MDFMT_TRR   2
 
#define MDFMT_G96   3
 
#define MDFMT_TRJ   4
 
#define MDFMT_XTC   5
 
#define FIRSTIDX   9
 
#define LASTIDX   (sizeof(xtc_magicints) / sizeof(*xtc_magicints))
 

Functions

static md_file * PLMD::molfile::mdio_open (const char *, const int, const int=MDIO_READ)
 
static int PLMD::molfile::mdio_close (md_file *)
 
static int PLMD::molfile::mdio_header (md_file *, md_header *)
 
static int PLMD::molfile::mdio_timestep (md_file *, md_ts *)
 
static int PLMD::molfile::gro_header (md_file *, char *, int, float *, int *, int=1)
 
static int PLMD::molfile::gro_rec (md_file *, md_atom *)
 
static int PLMD::molfile::gro_timestep (md_file *, md_ts *)
 
static int PLMD::molfile::trx_header (md_file *, int=0)
 
static int PLMD::molfile::trx_int (md_file *, int *)
 
static int PLMD::molfile::trx_real (md_file *, float *)
 
static int PLMD::molfile::trx_rvector (md_file *, float *)
 
static int PLMD::molfile::trx_string (md_file *, char *, int)
 
static int PLMD::molfile::trx_timestep (md_file *, md_ts *)
 
static int PLMD::molfile::g96_header (md_file *, char *, int, float *)
 
static int PLMD::molfile::g96_timestep (md_file *, md_ts *)
 
static int PLMD::molfile::g96_rec (md_file *, md_atom *)
 
static int PLMD::molfile::g96_countatoms (md_file *)
 
static int PLMD::molfile::xtc_int (md_file *, int *)
 
static int PLMD::molfile::xtc_float (md_file *, float *)
 
static int PLMD::molfile::xtc_timestep (md_file *, md_ts *)
 
static int PLMD::molfile::xtc_3dfcoord (md_file *, float *, int *, float *)
 
static int PLMD::molfile::mdio_errno (void)
 
static const char * PLMD::molfile::mdio_errmsg (int)
 
static int PLMD::molfile::mdio_seterror (int)
 
static int PLMD::molfile::strip_white (char *)
 
static int PLMD::molfile::mdio_readline (md_file *, char *, int, int=1)
 
static int PLMD::molfile::mdio_tsfree (md_ts *, int=0)
 
static int PLMD::molfile::mdio_readbox (md_box *, float *, float *, float *)
 
static int PLMD::molfile::xtc_receivebits (int *, int)
 
static int PLMD::molfile::host_is_little_endian (void)
 
static int PLMD::molfile::put_trx_int (md_file *mf, int y)
 
static int PLMD::molfile::put_trx_real (md_file *mf, float y)
 
static int PLMD::molfile::put_trx_string (md_file *mf, const char *s)
 
static int PLMD::molfile::xtc_data (md_file *mf, char *buf, int len)
 
static int PLMD::molfile::xtc_sizeofint (int size)
 
static int PLMD::molfile::xtc_sizeofints (int nints, unsigned int *sizes)
 
static void PLMD::molfile::xtc_receiveints (int *buf, const int nints, int nbits, unsigned int *sizes, int *nums)
 

Variables

const char * PLMD::molfile::mdio_fmtexts []
 
static int PLMD::molfile::mdio_errcode
 
static const char * PLMD::molfile::mdio_errdescs []
 
static int PLMD::molfile::xtc_magicints []
 

Macro Definition Documentation

◆ ANGS2_PER_NM2

#define ANGS2_PER_NM2   100

◆ ANGS_PER_NM

#define ANGS_PER_NM   10

◆ FIRSTIDX

#define FIRSTIDX   9

◆ GROMACS_H

#define GROMACS_H

◆ LASTIDX

#define LASTIDX   (sizeof(xtc_magicints) / sizeof(*xtc_magicints))

◆ M_PI_2

#define M_PI_2   1.57079632679489661922

◆ MAX_G96_LINE

#define MAX_G96_LINE   500

◆ MAX_GRO_LINE

#define MAX_GRO_LINE   500

◆ MAX_MDIO_TITLE

#define MAX_MDIO_TITLE   80

◆ MAX_TRX_TITLE

#define MAX_TRX_TITLE   80

◆ MDFMT_G96

#define MDFMT_G96   3

◆ MDFMT_GRO

#define MDFMT_GRO   1

◆ MDFMT_TRJ

#define MDFMT_TRJ   4

◆ MDFMT_TRR

#define MDFMT_TRR   2

◆ MDFMT_XTC

#define MDFMT_XTC   5

◆ MDIO_BADEXTENSION

#define MDIO_BADEXTENSION   8

◆ MDIO_BADFORMAT

#define MDIO_BADFORMAT   1

◆ MDIO_BADMALLOC

#define MDIO_BADMALLOC   6

◆ MDIO_BADPARAMS

#define MDIO_BADPARAMS   3

◆ MDIO_BADPRECISION

#define MDIO_BADPRECISION   5

◆ MDIO_CANTCLOSE

#define MDIO_CANTCLOSE   10

◆ MDIO_CANTOPEN

#define MDIO_CANTOPEN   7

◆ MDIO_EOF

#define MDIO_EOF   2

◆ MDIO_IOERROR

#define MDIO_IOERROR   4

◆ MDIO_MAX_ERRVAL

#define MDIO_MAX_ERRVAL   11

◆ MDIO_READ

#define MDIO_READ   0

◆ MDIO_SIZEERROR

#define MDIO_SIZEERROR   12

◆ MDIO_SUCCESS

#define MDIO_SUCCESS   0

◆ MDIO_UNKNOWNERROR

#define MDIO_UNKNOWNERROR   1000

◆ MDIO_UNKNOWNFMT

#define MDIO_UNKNOWNFMT   9

◆ MDIO_WRITE

#define MDIO_WRITE   1

◆ MDIO_WRONGFORMAT

#define MDIO_WRONGFORMAT   11

◆ TRX_MAGIC

#define TRX_MAGIC   1993

◆ XTC_MAGIC

#define XTC_MAGIC   1995